Ondanks de beschermde status van het eiland komen er toch ongewenste bezoekers op of rondom het eiland. Om ervoor te zorgen dat de natuur hier alle rust krijgt, hebben Rijkswaterstaat en Staatsbosbeheer een ballenlijn en extra informatieborden geplaatst om de ongewenste bezoekers te weren. Met de extra maatregelen krijgt de natuur hier het gehele jaar door de rust die hard nodig is.
Markenje is een beschermd natuurgebied, beheerd door Staatsbosbeheer, en mag het gehele jaar niet betreden worden. Het natuurgebied is een van de belangrijkste kustbroedvogelgebieden in de Grevelingen. Op Markenje broeden honderden verschillende soorten kustbroeders. Het eiland is niet af te sluiten. Surfers en andere bezoekers betreden illegaal het eiland en het ondiepe water er omheen. Deze bezoeken zijn ongewenst, want door verstoring verliest het eiland zijn functie als rustgebied voor duizenden vogels. Als de vogels worden opgejaagd vliegen ze van hun nesten af en komen eieren niet uit of bezwijken de jonge vogels door stress en gebrek aan beschutting van de ouders.
Extra maatregelen
Om het gebied te markeren en de toegang te beperken zijn er aanpassingen gedaan. Naast de ballenlijn (van ongeveer 600 meter) zijn er ook negen borden, aan de westzijde van het eiland tussen de dijk en de vooroeverbescherming, in het water geplaatst. Door deze maatregelen zijn de grenzen van het beschermde gebied duidelijk gemarkeerd en is de toegang vanaf het water geblokkeerd. Rijkswaterstaat en Staatsbosbeheer hopen met deze aanpassingen dat surfers en andere bezoekers van het eiland worden geweerd en de natuur beter beschermd is. Staatsbosbeheer zal samen met andere handhavingspartners, zoals de omgevingsdiensten (OZHZ en RUD-Zeeland) en de politie, handhaven op het betreden van het gebied. Bij betreding volgt een proces verbaal. Het boetebedrag kan oplopen tot € 250,-.
Grevelingen
De Grevelingen is een Natura 2000-gebied. Het is sinds de afsluiting door de Deltawerken het grootste zoutwatermeer van West-Europa. Door de slikken en de visrijke wateren is de Grevelingen een belangrijk gebied voor kustbroedvogels, die er foerageren, broeden en rusten. Het belangrijkste doel van Natura 2000 is om aangewezen soorten dieren en vogels en leefomgevingen in stand te houden. Sommige gebieden zijn (deels) toegankelijk, andere gebieden mag u niet betreden of alleen in een bepaalde periode. Daarom geldt er een Toegangsbeperkingsbesluit (TBB) voor onder andere het eiland Markenje en het watergebied er omheen.