Handhaving ver op zee is lastig. De gebieden zijn groot en liggen ver uit de kust. De handhavende partijen komen hier niet dagelijks om alles in de gaten te houden. De Kustwacht vliegt met de kustwachtvliegtuigen tijdens de dagelijkse controle boven de Noordzee en controleert deze natuurgebieden. Als er een melding wordt gemaakt, bijvoorbeeld van een olieverontreiniging, gaat een speciaal protocol van kracht voor de zeekoet waarbij ook de kustwacht en/of RWS schepen worden ingezet. Verder wordt gebruik gemaakt van satellietbeelden en AIS data en van meldingen van aanwezige partners in de gebieden.