De gebruikers worden gevraagd rekening te houden met de behoefte van de te beschermen dieren aan rust en ruimte. Hoe minder deze verstoord worden hoe beter. Dit heeft vooralsnog geen grote consequenties voor de gebruikers, behalve in de gevoelige periodes voor scheepvaart, bestemmingsverkeer, beheer en onderhoud. In deze periode wordt dan gevraagd om zo lang mogelijk in het verkeersscheidingsstelsel te blijven om verstoring te voorkómen. Dit kan ertoe leiden dat een iets langere vaarweg nodig is, wat mogelijk extra brandstofkosten tot gevolg heeft. Tijdens de eerste planperiode wordt gemonitord hoe hiermee omgegaan wordt. Er wordt niet op gehandhaafd (omdat er geen juridische grond voor is). Ook het lozen van toegestane stoffen is niet wenselijk in de Natura 2000 gebieden. Aan enkele vergunningplichtige activiteiten zullen extra voorwaarden worden opgelegd zoals het maken van extra rapportages en het communiceren van calamiteiten (o.a. bij onderhoudswerkzaamheden aan kabels en leidingen). Voor het gebruik van sonar is een aantal beperkingen gesteld. Met het ministerie van Defensie zijn afspraken gemaakt over mitigerende maatregelen ten aanzien van bijvoorbeeld het opruimen van explosieven. Er zullen vooral veel meer jaarrapportages gemaakt worden en/of opgevraagd worden om het gebruik goed te kunnen monitoren.