Het belangrijkste gevolg van de bescherming die Natura 2000 biedt, is dat de natuur van het IJsselmeer rijker wordt. De diversiteit in soorten planten en dieren neemt toe. Soorten die er nu al zijn, zullen zich beter kunnen handhaven. Dat is winst voor iedereen, zeker voor de gebruikers van het IJsselmeer. Waterrecreanten hebben baat bij een mooie, gezonde en natuurlijke omgeving. Vissers hebben baat bij duurzame visbestanden.

Een ander gevolg van Natura 2000 is dat de gebruikers meer rekening moeten houden met de behoefte van vogels aan rust en ruimte. Uit de toets van het bestaand gebruik tijdens de ontwikkeling van het beheerplan bleek echter dat dit voor niemand grote consequenties heeft. Vrijwel alle vormen van gebruik kunnen onveranderd doorgaan. Wel wordt aan de recreatiesector gevraagd sommige oeverzones in bepaalde perioden te mijden. Een enkele surflocatie is verplaatst en een paar uitgesproken verstoringsgevoelige deelgebieden (de IJsselmonding en een zone rondom de Kreupel) worden in overleg met de betrokken partijen voor alle vormen van waterrecreatie gesloten.