Natura 2000 is een Europees netwerk van beschermde natuurgebieden. De Deltawateren zijn aangewezen als Natura 2000-gebied, omdat er unieke natuur te vinden is die belangrijk is voor Nederland én voor Europa. Denk aan grootschalige getijdennatuur met geulen, slikken, platen en schorren, of de omvangrijke zoet- en zoutwatermeren, duinen en stranden. Het gebied is een onmisbare tussenstop voor trekvogels. Ook vormt een aantal wateren een belangrijke poort naar paai- en opgroeigebieden voor trekvissen. Bovendien leven er zeehonden, vele soorten vogels en bijzondere planten.