Habitattypen
In de Deltawateren komen waardevolle en kenmerkende natuurtypen voor. Van zoute eenjarige plantjes in de dynamische wateren tot zoete zachthoutooibossen in het Hollands Diep en de Oude Maas. Uniek zijn de typen ‘estuaria’ in de Westerschelde en ‘grote baaien’ in de Oosterschelde. Verder komen in de Deltawateren onder andere duinvegetaties, veenmosrietlanden, schorren en zilte graslanden voor. In totaal zijn achttien typen aangewezen.

Vogels en bijzondere soorten
In de Deltawateren worden maar liefst zestig vogelsoorten beschermd! Ze zijn verdeeld in de clusters kustbroedvogels, moerasbroedvogels, steltlopers, viseters, roofvogels en eenden, ganzen en zwanen. Verder zijn twaalf habitatsoorten aangewezen, waaronder zeven soorten vissen, een plant (de groenknolorchis), drie zoogdieren, namelijk de bever, gewone zeehond en noordse woelmuis en een ongewervelde, de nauwe korfslak.

Doelstelling
Het belangrijkste doel van Natura 2000 is om de aangewezen soorten en leefomgevingen in stand te houden. Een instandhoudingsdoelstelling kan betekenen dat de leefomgeving moet uitbreiden of verbeteren. Voor sommige soorten in de Deltawateren is het behouden van de bestaande situatie voldoende. Om bestaande natuur te redden, is het is belangrijk dat binnen één beheerplanperiode (6 jaar) de achteruitgang van de leefgebieden in omvang of kwaliteit wordt stopgezet.

Maatregelen
Om de instandhoudingsdoelstellingen te realiseren, zijn in het beheerplan maatregelen uit al vastgesteld beleid opgenomen. Bijvoorbeeld het Kierbesluit, de maatregelen uit de Kaderrichtlijn Water, het Natuurnetwerk Nederland (voorheen EHS), gerealiseerde projecten, zoals Plan Tureluur (Schouwen-Duiveland) of Deltanatuur (Zuid-Hollandse eilanden). Daarnaast zijn aanvullende terreinbeheer- en inrichtingsmaatregelen opgenomen, zoals peilbeheer, maaien, begrazing met vee en het aanbrengen van schelpenlagen. Tot slot is er het regulieren van activiteiten. Om voldoende rust te kunnen garanderen, zijn kitesurfen, dijkbetreding en plaatbezoek in ruimte en tijd gezoneerd. Dit gaat via zogenaamde toegangsbeperkingsbesluiten (tbb’s).

Verwachting
Met het huidige beheer van het gebied en de uitvoering van maatregelen uit het beheerplan worden veel doelstellingen bereikt. Nu of gedurende de tweede beheerplanperiode. Voor de habitattypen en soorten ziet het er goed uit. Het is wel van belang dat de Haringvlietsluizen op een kier worden gezet en dat de zandsuppletie op de Roggenplaat in de Oosterschelde plaatsvindt. Voor de kustbroedvogels lijkt het erop dat de doelaantallen voor kluut en strandplevier niet worden gehaald. In het Veerse Meer wordt onderzocht wat de oorzaak kan zijn van het lage aantal aalscholvers en dodaarzen. Ook oorzaken van andere knelpunten en mogelijke oplossingen worden onderzocht. Op basis van de onderzoeken kunnen eventueel aanvullende maatregelen worden genomen.