De Deltawateren kennen tal van leefgebieden. Van zoute eenjarige pioniersvegetaties in de dynamische Westerschelde en Oosterschelde, tot zoete zachthoutooibossen in het Hollands Diep en de Oude Maas. Er komen moerasruigtes, duinvegetaties, binnendijkse zilte graslanden, schorren en permanent overstroomde zandbanken voor. Uniek in Nederland zijn de grote baaien in de Oosterschelde en de estuaria: riviermondingen waarin zoet en zout water samen komen. De Westerschelde is de grootste van de twee in Nederland voorkomende estuaria.