Bijzondere diersoorten die we beschermen, zijn onder andere de zeehond, bever, rivierdonderpad, nauwe korfslak en noordse woelmuis. Ook stellen we doelen vast voor de bittervoorn, elft, fint, zalm, rivierprik en zeeprik. En de groenknolorchis, een orchidee die voorkomt in jonge duinen en trilveen, krijgt bescherming.
Daarnaast gebruiken veel vogels het beschermde gebied als doortrek- en/of overwinteringsgebied, of om te broeden. Extra bescherming krijgen 5 soorten moerasvogels en 7 soorten kustbroedvogels, waaronder de visdief, strandplevier en grote stern. We nemen in de Deltawateren maatregelen voor 17 soorten steltlopers, zoals de wulp, kluut en drieteenstrandloper en 8 soorten viseters, waaronder de aalscholver en geoorde fuut. Verder is er aandacht voor vele soorten eenden, ganzen en zwanen en roofvogels.